一、產(chǎn)品簡介
鄰近標記技術已被成功應用于鑒定蛋白靶標,相比傳統(tǒng)的Pulldown/IP+MS技術,鄰近標記技術可以解決鑒定弱或瞬時相互作用、研究膜蛋白等諸多問題。根據(jù)結核分枝桿菌類泛素蛋白酶體系統(tǒng)中底物Pup分子在體外能夠招募PafA連接酶發(fā)揮鄰近標記作用的實驗原理,來自上海交通大學的科研團隊研發(fā)了一項基于底物的新型鄰近標記技術(專利號ZL202110069353.7),命名為Specific Pupyla-tion as IDEntity Reporter(SPIDER)。該技術可應用于蛋白-蛋白、核酸-蛋白、小分子-蛋白等相互作用的驗證和發(fā)現(xiàn)。
本試劑盒基于SPIDER鄰近標記技術,僅需準備生物素化標記的誘餌分子(誘餌DNA)，加入待反應樣本(純化蛋白、細胞/組織裂解液)及SPIDER反應體系啟動反應,誘餌分子(Bait)和目標蛋白(Prey)之間的非共價結合被轉化為目標蛋白和鏈霉親和素之間的共價連接,隨后目標蛋白可以被生物素瓊脂糖親和富集并進行質譜鑒定。
相比其他互作檢測產(chǎn)品,該方法無需提前將標簽和誘餌分子進行融合,擺脫對融合蛋白表達準確性的依賴,操作相對簡單,應用范圍廣。 此外,該產(chǎn)品后續(xù)使用嚴苛的條件進行清洗,可顯著降低非特異蛋白的干擾,富集能力強,結果準確性更高,同時兼具操作簡單快捷的優(yōu)點。
二、產(chǎn)品應用范圍
用于DNA的結合蛋白/靶標蛋白的篩選和發(fā)現(xiàn)
僅適用于體外反應
僅用于科學研究
四、需要您自行準備的主要試劑、耗材和儀器
1.生物素標記的DNA
1)誘餌DNA:生物素標記DNA,2rxns共需1.2nmol,建議最小濃度為10 μM。建議誘餌DNA的長度在50 nt以內(nèi)，生物素與DNA之間的Linker需要足夠長,至少2~3個PEG,防止生物素影響DNA與互作蛋白的結合。
2)對照DNA(可選):如果誘餌DNA為修飾DNA(如5mC),需要提供生物素標記非修飾DNA作為對照DNA,2rxns共需1.2nmol,建議最小濃度為10 M。建議對照DNA的長度在50 nt以內(nèi),生物素與DNA之間的Linker需要足夠長,至少2~3個PEG,防止生物素影響DNA與互作蛋白的結合。
2.細胞/組織裂解液
4 rxns共需細胞/組織裂解液中總蛋白含量為12 mg,最小濃度不低于1 mg/mL。
特別提示:
細胞裂解時,Cell Lysate Buffer的有效成分建議使用非離子型去污劑，如1%NP-40其作用溫和，保留蛋白的天然構象以及相互作用;酶抑制劑應避免使用AEBSF或帶有AEBSF組分的Cocktai，AEBSF會抑制SPIDER反應。
3.其它需要的主要試劑
Tween 20:共需40 μL,可完成4 rxns。
4.耗材
需要使用無DNA酶的15 mL離心管,1.5 mLEP管,一次性吸頭。
5.儀器
滿足500xg微量離心機，以及15 mL離心管，500xg的水平離心機;渦旋振蕩器,旋轉混勻器(水平混勻器、三維混勻器可作為備選)37℃℃水浴鍋，4℃℃冰箱。
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