推薦一篇發(fā)表在Nat. Methods 上的文章，Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome。文章的通訊作者是來自牛津大學(xué)的Chun-Xiao Song教授， Song教授主要從事表觀遺傳學(xué)RNA修飾相關(guān)的研究。
假尿苷作為一種RNA轉(zhuǎn)錄后修飾不僅存在于tRNA、snRNA和rRNA中，也在mRNA中廣泛存在。該修飾參與真核細胞的剪接、翻譯、RNA-蛋白相互作用調(diào)控等重要生命活動并且與癌癥等疾病有密切關(guān)聯(lián)。然而，現(xiàn)有的假尿苷修飾檢測方標(biāo)記率較低，信噪比不高。因此，開發(fā)一種高準(zhǔn)確性、高靈敏度的方法來檢測假尿苷修飾是非常必要的。本文作者基于2-溴丙烯酰胺與假尿苷的環(huán)化反應(yīng)開發(fā)了一種假尿苷修飾的定量檢測方法(BACS)。2-溴丙烯酰胺先與假尿苷上活潑的N1位點發(fā)生邁克爾加成，隨后與臨近的氧原子O2發(fā)生環(huán)化，可以在逆轉(zhuǎn)錄中被識別為C堿基，從而實現(xiàn)對假尿苷修飾的識別。作者首先利用人工合成的RNA通過質(zhì)譜表征測定了BACS技術(shù)鑒定假尿苷修飾的準(zhǔn)確性和反應(yīng)效率。實驗結(jié)果表明，85%以上的假尿苷都可以被BACS方法鑒定到，其鑒定結(jié)果的假陽性率也低至1%以下，證明該方法可以有效地用于假尿苷修飾的單堿基表征。基于此技術(shù)，研究者們在多種細胞系中繪制了假尿苷分布圖譜，對snRNA、tRNA和mRNA上的假尿苷修飾進行了表征。他們還通過在HeLa細胞中敲除假尿苷修飾相關(guān)酶，對該修飾的關(guān)鍵酶TRUB1、 PUS7和PUS1的作用位點進行了測定。除此之外，他們還將BACS技術(shù)應(yīng)用于各種RNA和DNA病毒的轉(zhuǎn)錄組中以研究假尿苷修飾在病毒RNA中的存在。綜上，作者開發(fā)了基于2-溴丙烯酰胺環(huán)化反應(yīng)的高靈敏度、高準(zhǔn)確性假尿苷修飾測定技術(shù)，繪制了更全面和準(zhǔn)確的人源轉(zhuǎn)錄組中的假尿苷修飾圖譜。原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41592-024-02439-8原文引用：DOI: 10.1038/s41592-024-02439-8
